آستان باشکوه امامزاده سیدجعفرمحمد(علیه السلام) در دروازه قرآن یزد و در ضلع جنوبی جاده یزد ـ تهران (بلوار جمهوری اسلامی) واقع شده و از بقاع متبرکه و پر رونق شهرستان یزد به شمار می آید. بنای اصلی آن که از خشت و گل و با نمای آجری متعلق به دوره قاجاریه بوده درسال 1348 هجری شمسی تخریب و به جای آن بنای بسیار با ابهتی درابعاد 14×14 متر ساخته شده است. و با اضافه نمودن مساحت دو ایوان سمت شرقی و شمالی حرم مساحتی درحد 240 مترمربع دارد فضای باز زیرگنبد با ارتفاع 5/24 ازسطح زمین شکوه وعظمتی به این مکان داده است. بدنه حرم با سنگ مرمر یزد تزیین شده که در نوع خودکم نظیراست و مابین سنگ بدنه و آینه کاری اشعاری روی سنگ حک شده که باعث زیبایی مضاعف این بنا شده است سپس آینه کاری شروع می شود که بقیه نمای درونی حرم را تزیین نموده. ضریح در ابعاد 4×3 متر واز قطعات طلا ونقره ساخته شده است و اطراف آن چهل تاج طلا دارد که روی آنها اسماء الله بر زمینه مینا نقش بسته.
در دانشنامه مشاهیر یزد نیز نوشته شده: امامزاده سیدجعفرمحمد فرزند ابوالحسن علی و نوه امامزاده جعفر معروف به سیدجعفر در اواخر سده چهارم به دنیا آمد. نسبش با شش واسطه به امام جعفر صادق (علیه السلام) می رسد. برخی وی را از نوادگان امام سجاد (علیه السلام) در سده پنجم هجری قمری درگذشت. علامه نسابه ابوالحسن علی بن القاسم بن زید بیهقی در تقریر نسب وی بعد از اشاره به نسب شریف امامزاده جعفر یزد می نویسد: و برای علی بن محمد أبی جعفر (امامزاده جعفر یزد) بن علی بن عبیدالله بن احمد الشعرانی بن علی العریضی بن امام جعفر صادق (علیه السلام) سه فرزند به اسامی ذیل است: ابوالحسن زید، ابوجعفر محمد و ابوطالب طاهر»
زیارتنامه:
